Em 1525, ele voltou e conseguiu trazer o local sob o controle da Capitania Geral da Guatemala, que manteve sua autoridade até 1821, apesar de uma revolução fracassada em 1811. Foi Alvarado quem deu o nome de El Salvador ("O Salvador").

Em 1821 El Salvador declarou sua independência da Espanha. Quando outras províncias da América Central uniram-se ao México no início de 1822, El Salvador resistiu, insistindo na autonomia para os países da América Central. As tropas da Guatemala enviadas em apoio à união foram expulsas de El Salvador em junho de 1822. El Salvador pediu ao governo dos Estados Unidos para tornar-se um estado americano. Mas em 1823, uma revolução no México depôs o Imperador Agustín de Iturbide, e um novo congresso mexicano votou e permitiu que as províncias da América Central decidissem seu próprio destino.

Em 1832 Anastasio Aquino liderou uma revolta indígena contra os crioulos e mestiços em Santiago Nonualco, uma pequena cidade na província de San Vicente. A origem do descontentamento dos povos indígenas era a falta de terras para cultivo. O problema da distribuição de terras não foi resolvido até a década de 1930. A elite econômica, baseada na agricultura e na mineração, controlava o país junto com os militares, e a estrutura de poder permaneceu sob o controle das "Quatorze Famílias" de ricos fazendeiros. A economia, baseada no cultivo de café, prosperava ou sofria conforme as flutuações dos preços mundiais do café.

A partir de 1931- o ano do golpe que levou o General Maximiliano Hernández Martínez ao poder até que ele fosse deposto em 1944 — houve uma brutal supressão da resistência rural. O acontecimento mais notável foi o levante dos camponeses salvadorenhos em 1932 chamado de La Matanza (O Massacre), liderado por Farabundo Martí, e a retaliação ordenada pelo governo de Martinez, quando aproximadamente 30.000 indígenas e opositores políticos foram assassinados, presos ou exilados.